diagram.pdf فایل pdf است نه تصویر. باید آن را crop کنی. برای crop کردنش یک cmd باز میکنی و مینویسی:
pdfcrop diagram.pdf diagram-cropped.pdf
برای درج تصویر از دستورات زیر استفاده میکنی:
\begin{center}
\includegraphics{diagram-cropped.pdf}
\end{center}
که البته باید بسته graphicx را قبل از بسته xepersian فراخوانی کرده باشی. روشنه؟