با سلام
در فونت به نظرم باید با فونت Zar هم مشکل داشته باشید علت این است که این فونت ها فونت های فارسی هستند و نه انگلیسی، در نرم افزار word وقتی شما از این فونت ها استفاده می کنید، word در هنگام مواجه با کلمات انگلیسی، این کلمات را به
یک فونت پیش فرض تبدیل می کند. البته فکر کنم این کار را می کند.
برای حل این مشکل کافی است از فونت های سری XB مثل XB Niloofar .و... استفاده کنید. برای این موضوع به قسمت قلم‌ها و حروف سایت مراجعه کنید در ضمن در مرکز دانلود سایت این فونت ها قرار داده شده است. اگر هم می خواهید فقط از فونت
B Nazanin استفاده کنید، کافی است که mbox را به صورتی که در فایل اتج شده بنویسید یعنی متن درون mbox را درون یک lr قرار دهید.
در مورد نوشتن عبارت انگلیسی در عنوان بخش ها من مشکلی ندارد. شاید مشکل شما به خاطر این باشد که بین B و Nazanin باید یک فاصله در نام فونت باشد و شما این را رعایت نمی کنید. شاید هم عبارت انگلیسی در section را درون lr نمی گذارید به فایل اتچ شده نگاهی بیاندازید.
در کل در xepersian اگر از فونت هایی مثل سری XB که هم فارسی و هم انگلیسی را پشتیبانی می کنند استفاده نکنید، می بایست عبارات انگلیسی در متن فارسی را در داخل یک \lr{} قرار دهید تا فهمیده شود که این عبارت باید با فونت انگلیسی نوشته شود در ضمن شما می توانید علاوه بر تعیین فارسی فونت نوشتارهای انگلیسی که با lr مشخص کرده اید را نیز مشخص کنید با دستورات زیر:
\settextfont[Scale=1.3]{B Nazanin}
\setlatintextfont[Scale=1]{Times New Roman}