\documentclass{book}

\usepackage{amsthm,xparse,aliascnt,hyperref,bookmark}
\usepackage{xepersian} 
\NewDocumentCommand{\xnewtheorem}{m o m}
 {%
  \IfNoValueTF{#2}
   {%
    \newtheorem{cha#1}{#3}[chapter]%
    \newtheorem{sec#1}{#3}[section]%
   }
   {%
    \newaliascnt{cha#1}{cha#2}%
    \newtheorem{cha#1}[cha#1]{#3}%
    \aliascntresetthe{cha#1}%
    \newaliascnt{sec#1}{sec#2}%
    \newtheorem{sec#1}[sec#1]{#3}%
    \aliascntresetthe{sec#1}%
   }
  \expandafter\newcommand\csname cha#1autorefname\endcsname{#3}%
  \expandafter\newcommand\csname sec#1autorefname\endcsname{#3}%
  \newenvironment{#1}
   {\ifnum\value{section}>0
      \csname sec#1\expandafter\endcsname
    \else
      \csname cha#1\expandafter\endcsname
    \fi}
   {\ifnum\value{section}>0 
      \csname endsec#1\expandafter\endcsname
    \else
      \csname endcha#1\expandafter\endcsname
    \fi}
 }

\xnewtheorem{thm}{قضیه}
\xnewtheorem{lem}[thm]{لم}
\begin{document}
\chapter{بلند}
\section{اول}
\begin{lem}\label{insec}
این یک لم است.
\end{lem}

\begin{thm}
این یک قضیه است
\end{thm}



\chapter{کوتاه}
\begin{lem}
این یک لم است.
\end{lem}

\begin{thm}\label{incha}
این یک قضیه است
\end{thm}
\autoref{insec}
و
\autoref{incha}
می‌گویند که...
\end{document}