\documentclass[a4paper,10pt]{article}
\usepackage{amsmath}
\usepackage[plainpages=false,colorlinks,pagebackref=true,citecolor=blue]{hyperref}

\usepackage{xepersian}

\settextfont[Scale=1]{XB Zar}
%\setlatintextfont[Scale=1]{Times New Roman}
\setdigitfont{Yas}%{XB Zar}
%
\pagestyle{empty}
\begin{document}

چرا اعداد در لینکهای \lr{URL}فارسی هستند؟
\url{http://301040.blogsky.com}\\
\lr{\url{http://301040.blogsky.com}}\\
\LRE{\url{http://301040.blogsky.com}}\\

\end{document}