\documentclass[a4paper,10pt]{article}
\usepackage{amsmath}
\usepackage[plainpages=false,colorlinks,pagebackref=true,citecolor=blue]{hyperref}

\usepackage{xepersian}

\settextfont[Scale=1]{XB Zar}
%\setlatintextfont[Scale=1]{Times New Roman}
\setdigitfont{XB Zar}%{XB Zar}
%
\pagestyle{empty}
\begin{document}
\DefaultMathsDigits
چرا اعداد در لینکهای \lr{URL}فارسی هستند؟
\url{http://301040.blogsky.com}\\
\lr{\url{http://301040.blogsky.com}}\\
\LRE{\url{http://301040.blogsky.com}}\\
\AutoMathsDigits
\[1+2=3\]
\end{document}