\documentclass{article}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{xepersian}

\begin{document}

مثلا برای فرمول زیر میخواهم که هر خط فرمول یک شماره داشته باشه و بشود به هر شماره به صوت جداگانه ارجاع کرد.

\begin{align}
 (H-\lambda I)x=x^(k)&=kx^{(k-1)}+ p^(k)(\lambda)e_1 ,&  k=0,1,2,\ldots \label{eq:sam1}\\
 y^(k)(H-\lambda I)&=ky^{(k-1)H}+ p^(k)(\lambda)e_n^T ,&  k=0,1,2,\ldots  \label{eq:sam1}
\end{align}

با استفاده از معادله~%
\ref{eq:sam1}
\end{document}