\documentclass[oneside,openany,phd]{report}
\usepackage{amsthm,amssymb,amsmath}



\usepackage{xepersian}
\settextfont[Scale=1.1]{XB Niloofar}
\makeatletter
\def\@myabjad#1{\ifcase#1\or الفـ\or ب\or ج\or د\or ه\or و \or ز\or ح\or ط\or ی\or ک\or ل\or م\or ن\or س\or ع\or ف\or ص\or غ\or  ر \or ش\or ت\or ث\
else\@ctrerr\fi}
\makeatother


\begin{document}
\pagenumbering{myabjad}
این فایل نمونه است.
\newpage
چکیده:
\newpage
سپاسگزاری:
\newpage
در این قسمت تصمیم دارم که هنوز شماره گذاری با حروف ابجد ادامه داشته باشد اما فهرست مطالبم از صغحه ۱ شماره‌گذاری می‌شود.
\tableofcontents


 \chapter{مقدمات و پیشنیازها}
 \pagenumbering{arabic}
 این فصل شامل مقدمات است.
\newpage
این فصل شامل مقدمات است.
\newpage
این فصل شامل مقدمات است.
\newpage
این فصل شامل مقدمات است.
\newpage
این فصل شامل مقدمات است.
\newpage
این فصل شامل مقدمات است.
\newpage
این فصل شامل مقدمات است.
\newpage
این فصل شامل مقدمات است.
\newpage
این فصل شامل مقدمات است.


\end{document}