\documentclass{article}

\usepackage{xepersian}

\begin{document}
در محیط غیر ریاضی
۱۲۳٬۴۵۶

در محیط ریاضی
$123٬456$

در محیط ریاضی بدون شمارنده‌ی هزارگان
$123456$
\end{document}