\documentclass[twoside]{book}

% Packages required by doxygen
\usepackage{calc}
\usepackage{doxygen}
\usepackage{graphicx}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{makeidx}
\usepackage{multicol}
\usepackage{multirow}
\usepackage{textcomp}
\usepackage[table]{xcolor}

% Font selection
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{mathptmx}
\usepackage[scaled=.90]{helvet}
\usepackage{courier}
\usepackage{amssymb}
\usepackage{sectsty}
\usepackage{bidi}
\usepackage{xepersian}
%\renewcommand{\familydefault}{\sfdefault}
%\allsectionsfont{%
%  \fontseries{bc}\selectfont%
%  \color{darkgray}%
%}
\renewcommand{\DoxyLabelFont}{%
  \fontseries{bc}\selectfont%
  \color{darkgray}%
}

% Page & text layout
\usepackage{geometry}
\geometry{%
  a4paper,%
  top=2.5cm,%
  bottom=2.5cm,%
  left=2.5cm,%
  right=2.5cm%
}
\tolerance=750
\hfuzz=15pt
\hbadness=750
\setlength{\emergencystretch}{15pt}
\setlength{\parindent}{0cm}
\setlength{\parskip}{0.2cm}
\makeatletter
\renewcommand{\paragraph}{%
  \@startsection{paragraph}{4}{0ex}{-1.0ex}{1.0ex}{%
    \normalfont\normalsize\bfseries\SS@parafont%
  }%
}
\renewcommand{\subparagraph}{%
  \@startsection{subparagraph}{5}{0ex}{-1.0ex}{1.0ex}{%
    \normalfont\normalsize\bfseries\SS@subparafont%
  }%
}
\makeatother

% Headers & footers
\usepackage{fancyhdr}
\usepackage{xepersian}
\settextfont[Scale=1.15]{Yas}
\pagestyle{fancyplain}
\fancyhead[LE]{\fancyplain{}{\bfseries\thepage}}
\fancyhead[CE]{\fancyplain{}{}}
\fancyhead[RE]{\fancyplain{}{\bfseries\leftmark}}
\fancyhead[LO]{\fancyplain{}{\bfseries\rightmark}}
\fancyhead[CO]{\fancyplain{}{}}
\fancyhead[RO]{\fancyplain{}{\bfseries\thepage}}
\fancyfoot[LE]{\fancyplain{}{}}
\fancyfoot[CE]{\fancyplain{}{}}
\fancyfoot[RE]{\fancyplain{}{\bfseries\scriptsize </div><div dir="rtl">توليد شده در سه‌شنبه ۱۷ دسامبر ۲۰۱۳ ۱۸:۲۱:۰۵ برای لیست پیپوندی توسط Doxygen }}
\fancyfoot[LO]{\fancyplain{}{\bfseries\scriptsize </div><div dir="rtl">توليد شده در سه‌شنبه ۱۷ دسامبر ۲۰۱۳ ۱۸:۲۱:۰۵ برای لیست پیپوندی توسط Doxygen }}
\fancyfoot[CO]{\fancyplain{}{}}
\fancyfoot[RO]{\fancyplain{}{}}
\renewcommand{\footrulewidth}{0.4pt}
\renewcommand{\chaptermark}[1]{%
  \markboth{#1}{}%
}
\renewcommand{\sectionmark}[1]{%
  \markright{\thesection\ #1}%
}

% Indices & bibliography
\usepackage{natbib}
\usepackage[titles]{tocloft}
\setcounter{tocdepth}{3}
\setcounter{secnumdepth}{5}
\makeindex

% Hyperlinks (required, but should be loaded last)
\usepackage{ifpdf}
\ifpdf
  \usepackage[pdftex,pagebackref=true]{hyperref}
\else
  \usepackage[ps2pdf,pagebackref=true]{hyperref}
\fi
\hypersetup{%
  colorlinks=true,%
  linkcolor=blue,%
  citecolor=blue,%
  unicode%
}

% Custom commands
\newcommand{\clearemptydoublepage}{%
  \newpage{\pagestyle{empty}\cleardoublepage}%
}


%===== C O N T E N T S =====

\begin{document}
\begin{RTL}
% Titlepage & ToC
\hypersetup{pageanchor=false}
\pagenumbering{roman}
\begin{titlepage}
\vspace*{7cm}
\begin{center}%
{\Large لیست پیپوندی \\[1ex]\large 0.\-1 }\\
\vspace*{1cm}
{\large توليد شده توسط Doxygen 1.8.4}\\
\vspace*{0.5cm}
{\small سه‌شنبه ۱۷ دسامبر ۲۰۱۳ ۱۸:۲۱:۰۵}\\
\end{center}
\end{titlepage}
\clearemptydoublepage
\tableofcontents
\clearemptydoublepage
\pagenumbering{arabic}
\hypersetup{pageanchor=true}

%--- Begin generated contents ---
\chapter{Data Type Index}
\input{hierarchy}
\chapter{Data Type Index}
\input{annotated}
\chapter{فهرست پرونده ها}
\input{files}
\chapter{Data Type Documentation}
\input{classabstract__list__mod}
\input{structlink__mod_1_1link}
\input{classlink__mod}
\input{structabstract__list__mod_1_1list}
\input{structparticle__2d__mod_1_1particle__2d}
\input{classparticle__2d__mod}
\input{classparticle__list__mod}
\input{structparticle__list__mod_1_1particlelist}
\input{structabstract__particles_1_1particles}
\input{interfaceabstract__list__mod_1_1print_values}
\chapter{مستندات فایل}
\input{abstract__list_8f90}
\input{abstract__particles_8f90}
\input{link_8f90}
\input{main_8f90}
\input{particle__2d__mod_8f90}
\input{particle_list_8f90}
%--- End generated contents ---

% Index
\newpage
\phantomsection
\addcontentsline{toc}{part}{فهرست}
\printindex
\end{RTL}
\end{document}