\documentclass{article}
\usepackage{xepersian}
\makeatletter
\def\my@makefnmark#1{\def\@tempa{#1}%
  \ifx\@tempa\@empty \else
    \begingroup
      \unrestored@protected@xdef\@thefnmark{#1}%
    \endgroup
  \fi
}
\let\@thefnmark\@empty
\newcommand*{\Footnote}[1]{\Footnotemark{#1}\@footnotetext}
\newcommand*{\Footnotemark}[1]{\my@makefnmark{#1}\@footnotemark}
\newcommand*{\Footnotetext}[1]{\my@makefnmark{#1}\@footnotetext}
\makeatother
\begin{document}
این یک متن است%
\Footnotemark{1}
\Footnotetext{۱و۲}{این متن یک پانویس است.}
این یک متن است%
\Footnotemark{2}
\end{document}