\documentclass{article}
\usepackage[paperwidth=10cm,paperheight=10cm]{geometry}
\usepackage{xcolor}

\usepackage{xepersian}
\settextfont{XB Niloofar}
\begin{document}
سَلام، این یِک مَتنِ ساده در 
\XePersian
  اَست. من می‌خواهَم حرکت‌های آن را رنگی کنم، بدون این‌که حروفِ آن رنگی شوند



\end{document}