\documentclass[oneside,openany,phd]{report}
% در ورژن جدید زی‌پرشین برای تایپ متن‌های ریاضی، این سه بسته، حتماً باید فراخوانی شود. برای حاشیه چپ و راست متفاوت برای صفحات زوج و فرد باید دستور oneside را به twoside تبدیل کرد.
\usepackage{amsthm,amssymb,amsmath}
% بسته‌ای برای تنطیم حاشیه‌های بالا، پایین، چپ و راست صفحه
\usepackage[top=30mm, bottom=30mm, left=20mm, right=25mm]{geometry}
% بسته‌‌ای برای ظاهر شدن شکل‌ها و تصاویر متن
\usepackage{picinpar,graphicx}
%اگر دستور زیر فعال شود شماره ارجاعات را در باکس قرار می دهد.
\usepackage{float}
%\usepackage{hyperref}
%دستور زیر پانوشت را در سمت چپ با خط مربوط به پانوشت و با شمارنده کوچک می‌نویسد.
%\LTRfootnote{bu}
% بسته‌ای برای رسم کادر
%بسته‌ای برای افزوددن کلمه شکل در فهرست شکل‌ها
%\usepackage{tocloft}
%بسته ای برای رسم تابع
%\usepackage{pstricks-add}
%\psset{unit=1cm}
%\usepackage{supertabular}
\usepackage{longtable,booktabs}
%----------------------------
\usepackage{framed}
% بسته‌‌ای برای چاپ شدن خودکار تعداد صفحات در صفحه «معرفی پایان‌نامه»
\usepackage{lastpage}
% بسته‌ و دستوراتی برای ایجاد لینک‌های رنگی با امکان جهش
\usepackage[pagebackref=false,colorlinks,linkcolor=blue,citecolor=magenta]{hyperref}
% چنانچه قصد پرینت گرفتن نوشته خود را دارید، خط بالا را غیرفعال و از دستور زیر استفاده کنید چون در صورت استفاده از دستور زیر‌‌،
% لینک‌ها به رنگ سیاه ظاهر خواهند شد که برای پرینت گرفتن، مناسب‌تر است
%\usepackage[pagebackref=false]{hyperref}
% بسته‌ لازم برای تنظیم سربرگ‌ها
\usepackage{fancyhdr}
% بسته‌ای برای ظاهر شدن «مراجع» و «نمایه» در فهرست مطالب
\usepackage[nottoc]{tocbibind}
% دستورات مربوط به ایجاد نمایه
\usepackage{makeidx}
\makeindex
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
% فراخوانی بسته زی‌پرشین و تعریف قلم فارسی و انگلیسی
\usepackage{xepersian}
\settextfont[Scale=1.4]{XB Niloofar}
\DeclareMathSizes{10}{13}{10}{10}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
% چنانچه می‌خواهید اعداد در فرمول‌ها، انگلیسی باشد، خط زیر را غیرفعال کنید
\setdigitfont[Scale=.8]{Persian Modern}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
% تعریف قلم‌های فارسی و انگلیسی اضافی برای استفاده در بعضی از قسمت‌های متن
%\defpersianfont\nastaliq[Scale=2.2]{IranNastaliq}
%\defpersianfont\chapternumber[Scale=3.2]{XB Niloofar}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
% دستوری برای حذف کلمه «چکیده»
\renewcommand{\abstractname}{}
% دستوری برای حذف کلمه «abstract»
\renewcommand{\latinabstract}{}
% دستوری برای تغییر نام کلمه «اثبات» به «برهان»
\renewcommand\proofname{\textbf{برهان}}
%-----------------------------------------------------
%\def\listfigurename{ فهرست‌ شکل‌ها}
%\renewcommand*\cftfigpresnum{شکل~}
%\settowidth{\cftfignumwidth}{\cftfigpresnum}
%\renewcommand{\cftfigaftersnumb}{\quad~~~~~~}
%------------------------------------------------
%\def\listtablename{ ‌فهرست جدول‌ها}
%\renewcommand*\cfttabpresnum{جدول~}
%\settowidth{\cfttabnumwidth}{\cftfigpresnum}
%\renewcommand{\cfttabaftersnumb}{\quad~~~~~~~}
% دستوری برای تغییر نام کلمه «کتاب‌نامه» به «مراجع»
\renewcommand{\bibname}{مراجع}
% دستوری برای تعریف واژه‌نامه انگلیسی به فارسی
\newcommand\persiangloss[2]{#1\dotfill\lr{#2}\\}
% دستوری برای تعریف واژه‌نامه فارسی به انگلیسی
\newcommand\englishgloss[2]{#2\dotfill\lr{#1}\\}
% تعریف دستور جدید «\پ» برای خلاصه‌نویسی جهت نوشتن عبارت «پروژه/پایان‌نامه/رساله»
\newcommand{\پ}{پروژه/پایان‌نامه/رساله }
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
% تعریف و نحوه ظاهر شدن عنوان قضیه‌ها، تعریف‌ها، مثال‌ها و ...
\theoremstyle{definition}
\newtheorem{definition}{تعریف}[section]
\theoremstyle{theorem}
\newtheorem{theorem}[definition]{قضیه}
\newtheorem{lemma}[definition]{لم}
\newtheorem{proposition}[definition]{گزاره}
\newtheorem{corollary}[definition]{نتیجه}
\newtheorem{remark}[definition]{ملاحظه}
\theoremstyle{definition}
\newtheorem{example}[definition]{مثال}
%\newtheorem{notation}[definition]{تبصره}
%\newtheorem{procedure}[definition]{الگوریتم}
%\newtheorem{property}[definition]{اصل}
%\newtheorem{assumption}[definition]{فرض}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
% تعریف دستورات جدید برای خلاصه نویسی و راحتی کار در هنگام تایپ فرمول‌های ریاضی
%\newcommand{\wU}{\widetilde{U}}
%\newcommand{\wV}{\widetilde{V}}
%\newcommand{\wX}{\widetilde{X}}
%\newcommand{\wQ}{\widetilde{Q}}
%\newcommand{\wA}{\widetilde{A}}
%\newcommand{\cF}{\mathcal{F}}
%\newcommand{\cB}{\mathcal{B}}
%\newcommand{\cI}{\mathcal{I}}
%\newcommand{\cH}{\mathcal{H}}
%\newcommand{\cG}{\mathcal{G}}
%\newcommand{\cU}{\mathcal{U}}
%\newcommand{\cK}{\mathcal{K}}
%\newcommand{\cW}{\mathcal{W}}
%\newcommand{\cV}{\mathcal{V}}
%\newcommand{\cN}{\mathcal{N}}
%\newcommand{\rM}{\mathrm{M}}
%\newcommand{\rC}{\mathrm{C}}
%\newcommand{\rV}{\mathrm{V}}
%\newcommand{\ls}{\mathrm{LSC}_{+}(X)}
%\newcommand{\ce}{\mathrm{C}^{*}(X)}
%\newcommand{\lsc}{\mathrm{LSC}}
%\newcommand{\fB}{\mathfrak{B}}
%\newcommand{\fM}{\mathfrak{M}}
%\newcommand{\bt}{\begin{theorem}}
%\newcommand{\et}{\end{theorem}}
%\newcommand{\bl}{\begin{lemma}}
%\newcommand{\el}{\end{lemma}}
%\newcommand{\bc}{\begin{corollary}}
%\newcommand{\ec}{\end{corollary}}
%\newcommand{\bp}{\begin{proof}}
%\newcommand{\ep}{\end{proof}}
%\newcommand{\be}{\begin{example}}
%\newcommand{\ee}{\end{example}}
%\newcommand{\bd}{\begin{definition}}
%\newcommand{\ed}{\end{definition}}
%\newcommand{\ba}{\begin{align}}
%\newcommand{\ea}{\end{align}}
%\newcommand{\no}{\nonumber}
% دستورهایی برای سفارشی کردن سربرگ صفحات(با فعال کردن دستور زیر بالای هر صفحه خط رسم می کند و اسم فصل و اسم زیر بخش را یک صفحه در میان در قسمت بالا می نویسد. ولی با غیر فعال کردن آن خط رسم نمی کند ولی شماره صفحه و اسم هر فصل در قسمت بالا نوشته می شود.)
%\csname@twosidetrue\endcsname
%\pagestyle{fancy}
%\fancyhf{}
%\fancyhead[OL,EL]{\thepage}
%\fancyhead[OR]{\small\rightmark}
%\fancyhead[ER]{\small\leftmark}
%\renewcommand{\chaptermark}[1]{%
%\markboth{\thechapter.\ #1}{}}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
% دستورهایی برای سفارشی کردن صفحات اول فصل‌ها
\makeatletter
\newcommand\mycustomraggedright{%
\if@RTL\raggedleft%
\else\raggedright%
\fi}
\def\@part[#1]#2{%
\ifnum \c@secnumdepth >-2\relax
\refstepcounter{part}%
\addcontentsline{toc}{part}{\thepart\hspace{1em}#1}%
\else
\addcontentsline{toc}{part}{#1}%
\fi
\markboth{}{}%
{\centering
\interlinepenalty \@M
\ifnum \c@secnumdepth >-2\relax
\huge\bfseries \partname\nobreakspace\thepart
\par
\vskip 20\p@
\fi
\Huge\bfseries #2\par}%
\@endpart}
\def\@makechapterhead#1{%
\vspace*{-30\p@}%
{\parindent \z@ \mycustomraggedright %\@mycustomfont
\ifnum \c@secnumdepth >\m@ne
\if@mainmatter
\huge\bfseries \@chapapp\space {\chapternumber\thechapter}
\par\nobreak
\vskip 20\p@
\fi
\fi
\interlinepenalty\@M
\Huge \bfseries #1\par\nobreak
\vskip 120\p@
}}
\makeatother
% دستورهایی برای سفارشی کردن صفحات اول فصل‌ها(دستورات زیر باعث می شود تا صفحه اول هر فصل در مرکز صفحه قرار بگیرد و با زدن newpage بعد از کلمه chapter اسم فصل و عنوان فصل در آن صفحه است.)
\makeatletter
\newcommand\mycustomraggedright{%
\if@RTL\raggedleft%
\else\raggedright%
\fi}
\def\@part[#1]#2{%
\ifnum \c@secnumdepth >-2\relax
\refstepcounter{part}%
%\addcontentsline{toc}{part}{\thepart}%%%%%%%%%%%%%
\addcontentsline{toc}{part}{\thepart\hspace{1em}#1}%
\else
\addcontentsline{toc}{part}{#1}%
\fi
\markboth{}{}%
{\centering
\interlinepenalty \@M
\ifnum \c@secnumdepth >-2\relax
\centring
\huge\bfseries \partname\nobreakspace\thepart
\par
\vskip 20\p@
\fi
\Huge\bfseries #2\par}%		
\@endpart}
\def\@makechapterhead#1{%
%\hspace*{8cm}
\vspace*{200\p@}%
{\parindent \z@ \mycustomraggedright %\@mycustomfont
\ifnum \c@secnumdepth >\m@ne
\if@mainmatter
%دستور زیر فصل و شماره آن را می نویسد
\centering
\huge\bfseries \@chapapp\space {\chapternumber\thechapter}
\par\nobreak
\vskip 20\p@
\fi
\fi
\interlinepenalty\@M
\Huge \bfseries #1\par\nobreak
\vskip 120\p@
}}
\makeatother
%*******************************************************************************************
%این دستورات برای تعریف ماتریس به شکلی خاص است که در بالای هر ستون و سمت چپ هر سطر ماتریس بتوان عباراتی نوشت.
\makeatletter
\newif\if@borderstar
\def\bordermatrix{\@ifnextchar*{%
\@borderstartrue\@bordermatrix@i}{\@borderstarfalse\@bordermatrix@i*}%
}
\def\@bordermatrix@i*{\@ifnextchar[{\@bordermatrix@ii}{\@bordermatrix@ii[()]}}
\def\@bordermatrix@ii[#1]#2{%
\begingroup
\m@th\@tempdima8.75\p@\setbox\z@\vbox{%
\def\cr{\crcr\noalign{\kern 2\p@\global\let\cr\endline }}%
\ialign {$##$\hfil\kern 2\p@\kern\@tempdima & \thinspace %
\hfil $##$\hfil && \quad\hfil $##$\hfil\crcr\omit\strut %
\hfil\crcr\noalign{\kern -\baselineskip}#2\crcr\omit %
\strut\cr}}%
\setbox\tw@\vbox{\unvcopy\z@\global\setbox\@ne\lastbox}%
\setbox\tw@\hbox{\unhbox\@ne\unskip\global\setbox\@ne\lastbox}%
\setbox\tw@\hbox{%
$\kern\wd\@ne\kern -\@tempdima\left\@firstoftwo#1%
\if@borderstar\kern2pt\else\kern -\wd\@ne\fi%
\global\setbox\@ne\vbox{\box\@ne\if@borderstar\else\kern 2\p@\fi}%
\vcenter{\if@borderstar\else\kern -\ht\@ne\fi%
\unvbox\z@\kern-\if@borderstar2\fi\baselineskip}%
\if@borderstar\kern-2\@tempdima\kern2\p@\else\,\fi\right\@secondoftwo#1 $%
}\null \;\vbox{\kern\ht\@ne\box\tw@}%
\endgroup
}
\makeatother
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%دو خط زیر برای این هست که شماره بندی زیر نویسها را در هر صفحه جداگونه انجام دهد
%\usepackage{perpage}
%\MakePerPage{footnote}
%\usepackage{xepersian}
%\settextfont[Scale=1]{XB Zar}
%\setdigitfont[Scale=1]{XB Zar}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%دستورات زیر باعث می‌شود که پانوشت با شمارنده فارسی زیر هم از سمت راست با خط مربوط به پانوشت باشد.
%\makeatletter
%\renewcommand\@makefntext[1]{%
%\setlength
%\parindent{1em}
%\noindent
%\makebox[1em][r]
%{ \@thefnmark}{- \itshape#1}}
%\SetFootnoteHook{\setRTL}%
%\renewcommand{\extrafootnoterule}{}
%\SetFootnoteHook{\setLTR}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\makeatletter
\def\@myabjad#1{\ifcase#1\or الفـ\or ب\or ج\or د\or ه\or و \or ز\or ح\or ط\or ی\or ک\or ل\or م\or ن\or س\or ع\or ف\or ص\or غ\or ر \or ش\or ت\or ث\
else\@ctrerr\fi}
\makeatother
%دستوراتی برای شماره های ابجد ابتدا
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\begin{document}
\chapter{مقدمات و پیشنیازها}

\section{نظریه سیستم‌ها}

\begin{lemma}
\end{lemma}
\begin{proposition}
\end{proposition} 

\section{نظریه}
\begin{lemma}
\end{lemma}
\begin{proposition}
\end{proposition} 
\chapter{مثال}
\theoremstyle{definition}
\newtheorem{definition}{تعریف}[subsection]
\theoremstyle{theorem}
\newtheorem{theorem}[definition]{قضیه}
\newtheorem{lemma}[definition]{لم}
\newtheorem{proposition}[definition]{گزاره}
\newtheorem{corollary}[definition]{نتیجه}
\newtheorem{remark}[definition]{ملاحظه}
\theoremstyle{definition}
\newtheorem{example}[definition]{مثال}

\section{1}
\subsection{1}

\begin{lemma}
\end{lemma}
\begin{proposition}
\end{proposition} 
\subsection{2}

\begin{lemma}
\end{lemma}
\begin{proposition}
\end{proposition} 



\end{document}