\documentclass{article}
\usepackage{zref-perpage}
\zmakeperpage{footnote}
\usepackage[extrafootnotefeatures]{xepersian}
\settextfont[Language=Default]{Persian Modern}
\twocolumnfootnotes
\makeatletter 
\def\LTRfootnote{\@ifnextchar[\@xLTRfootnote{\stepcounter\@mpfn
     \protected@xdef\@thefnmark{\latinfont\thempfn}%
     \@footnotemark\@LTRfootnotetext}}
\makeatother
\begin{document}
سلام \LTRfootnote{A}  \\
تست\LTRfootnote{B} \\
سلام\LTRfootnote{C}   \\
تست\LTRfootnote{D} 
\newpage
سلام \LTRfootnote{A}  \\
تست\LTRfootnote{B} \\
سلام\LTRfootnote{C}   \\
تست\LTRfootnote{D} 
\end{document}