\documentclass[12pt,a4paper]{article}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% بسته‌های معمول
\usepackage{amsmath}
\usepackage{pstricks-add}
\usepackage[left=2.5cm,right=2.5cm]{geometry}
\usepackage{tikz}
%\usetikzlibrary{shapes,snakes}
\usepackage{color,fancyhdr}
%\usepackage[noindentafter,calcwidth]{titlesec}
\usepackage{eso-pic}
\usepackage{tocbibind}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{amssymb}
\usepackage{makeidx}
\usepackage[colorlinks = true, linkcolor = blue, urlcolor  = blue,
citecolor = blue , anchorcolor = blue]{hyperref}
\usepackage{xepersian}

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% تنظیمات قلم
\settextfont[Scale=1]{XB Niloofar}
\setlatintextfont[Scale=1]{XB Niloofar}
\setdigitfont[Scale=1]{XB Niloofar}


\begin{document}
\large
\tableofcontents
\pagenumbering{arabic}
\makeindex
)این یه پرانتزه(

در خط بالا شما پرانتز ها را انگلیسی گذاشته اید.

(این یک پرانتز است.)
$(in ye pranteze)$
\begin{align}
in ham pranteze ghalat!
\end{align}

\end{document}