\documentclass{book}

\usepackage{xepersian}

\makeatletter
\renewcommand\@makefntext[1]{\@thefnmark.\,#1}
\makeatother

\begin{document}

\lr{text}\پانویس{\lr{Footnote one.}} و متن\پانوشت{پانویس دو.}.

\end{document}