\documentclass[a4paper,12pt]{book}
\usepackage{xepersian}
\settextfont[Scale=1]{Tahoma}\setlatintextfont[Scale=1]{Tahoma}
\makeatletter
\renewcommand{\thesection}{\arabic{section}}
%\renewcommand{\thesubsection}{\thesection.\arabic{subsection}}
\renewcommand{\thesubsection}{\arabic{subsection}.\thesection}
%================================================
% برای تنظیم فاصله اعداد و عناوین در فهرست مطالب
%\@dottedtocline{seclevel}{indent}{numwidth}
\def\l@section{\@dottedtocline{1}{1.5em}{1em}}
\def\l@subsection{\@dottedtocline{2}{2.5em}{2em}}
%===============================================
\makeatother
\begin{document}
\tableofcontents
\chapter{حسابان 1}
\section{حد}
می خواهم شماره ی سمت راست «حد» یعنی 1.1 به 1 تبدیل شود. یعنی ۱ اولی حذف شود.
\subsection{حد راست}
می خواهم شماره ی سمت راست «حد راست» یعنی 1.1.1 به 1.1 تبدیل شود. یعنی ۱ اولی حذف شود.
\subsection{زیر بخش دوم}
\section{ دوم بخش}
\chapter{مشتق}
\section{مشتق راست}
\end{document}