\documentclass{report}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{hyperref}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{XB Niloofar}
\setdigitfont{XB Niloofar}
\renewcommand{\chaptermark}[1]{\markboth{#1}{}}
\renewcommand{\sectionmark}[1]{\markright{\thesection\ #1}}
\renewcommand{\theequation}{\thechapter.\arabic{equation}}
\begin{document}
\chapter{کمک}
\begin{equation}\label{1}
IR \subset \{ (x,y,z) : (x,y) \in S(X,Y) \quad , z \in P(x,y) \}. 
\end{equation}
\begin{equation}\label{2}
IR \subset \{ (x,y,z) : (x,y) \in S(X,Y) \quad , z \in P(x,y) \}. 
\end{equation}
این همان  شماره ی فرمول
\eqref{2}
  است که هیچ تغییری نکرده 
\end{document}