\documentclass{article}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{Yas}
\setdigitfont{Yas}
\begin{document}
\begin{align}
(x+y)(x-y)&=x^2-xy+xy-y^2\qquad\text{این یک متن\footnotemark[1]}\nonumber\\
&x^2-y^2
\end{align}
\footnotetext[1]{این یک زیرنویس است.}
\end{document}