\documentclass[a4paper]{article}

\usepackage{color}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{empheq}
\usepackage{xepersian}

\settextfont[Scale=1]{Yas}
\setlatintextfont[Scale=1]{Yas}
\setdigitfont[Scale=1]{Yas}

\definecolor{myblue}{rgb}{.8, .8, 1}
\newcommand*\mybluebox[1]{%
\colorbox{myblue}{\hspace{1em}#1\hspace{1em}}}

\begin{document}
این یک رابطهٔ ریاضی است.


\begin{empheq}[box=\mybluebox]{align}
a&=b\\
E&=mc^2 + \int_a^a x\, dx
\end{empheq}


\end{document}