\documentclass[a4paper,12pt]{report}
\usepackage[top=3cm,right=3cm,bottom=2.5cm,left=2.5cm]{geometry}                 
\usepackage{fancyhdr}
\usepackage{xepersian}
\settextfont[Scale=1]{XB Zar}

\makeatletter
\def\@outputpage{%
  \let \protect \noexpand
  \shipout \vbox{%
     \set@typeset@protect
  \if@specialpage
  \fi
    \ifodd\count\z@ \let\@thehead\@oddhead
    \else \let\@thehead\@evenhead
  \fi
    \moveright\@themargin \vbox {%
      \setbox\@tempboxa \vbox to\headheight{%
          \hb@xt@\textwidth{\if@RTLmain\beginR\fi\@thehead\if@RTL\endR\fi}%
        }%                        
      \box\@tempboxa
      \vskip \headsep
      \box\@outputbox
      }%
    }%
  \stepcounter{page}%
}
\makeatother
\pagestyle{fancy}
\cfoot{}
\fancyhead[OL,EL]{\thepage}
\fancyhead[OR]{\rl{\rightmark}} 
\fancyhead[ER]{\rl{\leftmark}} 
\begin{document}
\tableofcontents

\chapter{مقدمه}
فصل اول فصل اول فصل اول فصل اول فصل اول فصل اول فصل اول فصل اول فصل اول فصل اول فصل اول فصل اول فصل اول فصل اول ر فصل اول فصل اول فصل اول فصل اول فصل اول 
\newpage
\section{بخش اول}
بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول 
\LTRfootnote{eeeeee}
\newpage
بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول
 \newpage
بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول بخش اول
 
\section{بخش دوم}

\end{document}

\makeatletter
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% Do not change this
\def\@outputpage{%
%\begingroup           % the \endgroup is put in by \aftergroup
  \let \protect \noexpand
%  \@resetactivechars
%  \global\let\@@if@newlist\if@newlist
 % \global\@newlistfalse
%  \@parboxrestore
  \shipout \vbox{%
     \set@typeset@protect
%    \aftergroup \endgroup
 %   \aftergroup \set@typeset@protect
                                % correct? or just restore by ending
%                                % the group?
  \if@specialpage
%    \global\@specialpagefalse\@nameuse{ps@\@specialstyle}%
  \fi
    \ifodd\count\z@ \let\@thehead\@oddhead \let\@thefoot\@oddfoot
%         \let\@themargin\oddsidemargin
    \else \let\@thehead\@evenhead
%      \let\@thefoot\@evenfoot \let\@themargin\evensidemargin
  \fi
    \moveright\@themargin \vbox {%
      \setbox\@tempboxa \vbox to\headheight{%
%        \vfil
%        \color@hbox
%          \normalcolor
          \hb@xt@\textwidth{\if@RTLmain\beginR\fi\@thehead\if@RTL\endR\fi}%
 %       \color@endbox
        }%                        %% 22 Feb 87
 %     \dp\@tempboxa \z@
      \box\@tempboxa
      \vskip \headsep
      \box\@outputbox
 %     \baselineskip \footskip
%     \color@hbox
 %       \normalcolor
%        \hb@xt@\textwidth{\if@RTLmain\beginR\fi\@thefoot\if@RTLmain\endR\fi}%
%      \color@endbox
      }%
    }%
%  \global\let\if@newlist\@@if@newlist
%  \global \@colht \textheight
  \stepcounter{page}%
%  \let\firstmark\botmark
}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% Now put your things down 
\makeatother