\documentclass{article}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{XB Niloofar}
%\setlatintextfont{Junicode}
\makeatletter
\renewcommand\section{\@startsection {section}{1}{\z@}%
                                   {-3.5ex \@plus -1ex \@minus -.2ex}%
                                   {2.3ex \@plus.2ex}%
                                   {\normalfont\Large\bfseries}}
\makeatother
\begin{document}
این یک متن است. این یک متن است. این یک متن است. این یک متن است. این یک متن است. این یک متن است. این یک متن است. 
\section{بخش اول}
این یک متن است. این یک متن است. این یک متن است. این یک متن است. این یک متن است. این یک متن است. این یک متن است. 

\end{document}