\documentclass[12pt]{article}
\usepackage{xepersian}
\settextfont[Language=Default]{Achaemenes}
\makeatletter
\def\LTRfootnote{\@ifnextchar[\@xLTRfootnote{\stepcounter\@mpfn
     \protected@xdef\@thefnmark{\latinfont\thempfn}%
     \@footnotemark\@LTRfootnotetext}}
\makeatother
\begin{document}
آموزش\LTRfootnote{train} و فرکانس سند \lr {(DF\LTRfootnote{Document Frequenty})}

می‌خواهم شماره ارجاع ۲ در \lr{(DF)} انگلیسی باشه...

آزمایش
\footnote{آزمایش}\LTRfootnote{This is a test.}
\end{document}