\documentclass{book}
\usepackage{amssymb,amsmath}
\usepackage{xepersian}
\settextfont[Scale=1]{Yas}
\setlatintextfont{Arial}
\begin{document}
ظاهر نشدن کامل شماره فرمول در محیط \lr{align}   و\lr{equation}  

\begin{align}
&   aaaaaaaaaaaa 
\end{align}


\begin{equation}
bbbbbbbbbbb 
\end{equation}
\end{document}