\documentclass[openany]{book}
\usepackage{amsthm,amsmath}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{B Zar}
\makeatletter
\renewcommand \thesection {\@arabic\c@section}
\renewcommand \thechapter {\@tartibi\c@chapter}
\renewcommand*\l@chapter[2]{%
  \ifnum \c@tocdepth >\m@ne
    \addpenalty{-\@highpenalty}%
    \vskip 1.0em \@plus\p@
    \setlength\@tempdima{1.5em}%
    \begingroup
      \parindent \z@ \rightskip \@pnumwidth
      \parfillskip -\@pnumwidth
      \leavevmode \bfseries
      \advance\leftskip\@tempdima
      \hskip -\leftskip
فصل
#1 \nobreak\hfil \nobreak\hb@xt@\@pnumwidth{\hss #2}\par
      \penalty\@highpenalty
    \endgroup
  \fi} 
\renewcommand*\l@section{بخش\vspace*{-1em}\@dottedtocline{1}{3.5em}{2.3em}}
\renewcommand\section{\@startsection {section}{1}{\z@}%
                                   {-3.5ex \@plus -1ex \@minus -.2ex}%
                                   {2.3ex \@plus.2ex}%
                                   {\normalfont\Large\bfseries بخش}}
\makeatother
\theoremstyle{definition}
\newtheorem{definition}{تعریف}[section]
\theoremstyle{theorem}
\newtheorem{theorem}[definition]{قضیه}

%\makeatletter
%\renewcommand \theequation {\@arabic\c@equation.\@arabic\c@chapter}                               
%\makeatother
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\makeatletter
\renewcommand \theequation {\@arabic\c@equation.\@arabic\c@section}                               
\makeatother
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%\makeatletter
%\@addtoreset{section}{part}
%\makeatother 
\begin{document}
\tableofcontents
\chapter{مقدمه}
\section{مفاهیم}

مقداری متن ... 
\begin{definition}
این یک تعریف است.
\begin{align}\label{e}
f(x)& = x +a+a+a+a+a+a+a+a+a+a\\
& =x +a+a+a+a+a+a+a+a+a+a\\
&= x +a+a+a+a+a+a+a+a+a+a\\
 & =x +a+a+a+a+a+a+a+a+a+a
\end{align}
\end{definition}
\begin{theorem}
این یک قضیه است.
\end{theorem}
\section{تعاریف}
\begin{definition}
این یک تعریف است.
\end{definition}
\begin{theorem}
این یک قضیه است.
\end{theorem}
\section{قضایا}
مقداری متن ...
\begin{align}\label{e}
f(x)& = x +a+a+a+a+a+a+a+a+a+a\\
& =x +a+a+a+a+a+a+a+a+a+a\\
&= x +a+a+a+a+a+a+a+a+a+a\\
 & =x +a+a+a+a+a+a+a+a+a+a
\end{align}



\chapter{پیشینه تاریخی}
\setcounter{section}{3}
\section{قرون وسطی}
مقداری متن ...
\begin{theorem}
این یک قضیه است.
\end{theorem}
\section{تعاریف}
\begin{definition}
این یک تعریف است.
\end{definition}
\begin{theorem}
این یک قضیه است.
\end{theorem}
\begin{align}\label{e}
f(x)& = x +a+a+a+a+a+a+a+a+a+a\\
& =x +a+a+a+a+a+a+a+a+a+a\\
&= x +a+a+a+a+a+a+a+a+a+a\\
 & =x +a+a+a+a+a+a+a+a+a+a
\end{align}

\end{document}