\documentclass{article}
\usepackage{amsthm,amsmath} 
\usepackage{xepersian}
\theoremstyle{plain}
\newtheorem{theorem}{قضیه}

\begin{document}

\begin{theorem}[{\cite[صفحه ۱۲]{Pourmousa88mscThesis}}]
این یک قضیه است.
\end{theorem}
\begin{thebibliography}{99}
\bibitem{Pourmousa88mscThesis}
مرجع ما اینجا قرار می‌گیرد.
\end{thebibliography}
\end{document}