\documentclass[a4paper,12pt]{report}
\usepackage{xepersian}
\begin{document}
\tableofcontents
\chapter{مقدمه}
\section[عنوان الکی اول]{عنوان الکی اول \LTRfootnote{alaki1}}
\section[عنوان الکی دوم]{عنوان الکی دوم \LTRfootnote{alaki2}}
\end{document}