\underline{•}\documentclass[a4paper,fleqn,openany]{report}
\usepackage{graphicx} %بسته‌‌ای برای ظاهر شدن شکل‌ها و تصاویر متن
\usepackage{amsthm}
\usepackage{amssymb}
\usepackage{mathptmx}
\usepackage{mathrsfs}
\usepackage{amsmath}
%\usepackage{amsbsy}
\usepackage{fancybox}  %  بسته‌ای برای ایجاد جعبه و کادر
\usepackage{fancyhdr}  % بسته‌ لازم برای تنظیم سربرگ‌ها
\usepackage{setspace}
\usepackage{makeidx}  % دستورات مربوط به ایجاد نمایه
\usepackage{breqn}  %بسته‌ای برای شکستن فرمول
\usepackage{calc}
% بسته‌ای برای تنطیم حاشیه‌های بالا، پایین، چپ و راست صفحه
\usepackage[top=3cm, bottom=3cm, left=3cm, right=3.5cm]{geometry}
\makeindex
 بسته‌ و دستوراتی برای ایجاد لینک‌های رنگی با امکان جهش
\usepackage[pagebackref=true,colorlinks,linkcolor=blue,citecolor=magenta]{hyperref}
%-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
% چنانچه قصد پرینت گرفتن نوشته خود را دارید، خط بالا را غیرفعال و  از دستور زیر استفاده کنید چون در صورت استفاده از دستور زیر‌‌، 
% لینک‌ها به رنگ سیاه ظاهر خواهند شد که برای پرینت گرفتن، مناسب است
%\usepackage[pagebackref=false]{hyperref}
\usepackage{tocbibind}   بسته‌ای برای ظاهر شدن «مراجع» و «نمایه» در فهرست مطالب
‎\usepackage[labelsep= ‎non‎e‎]{caption}‎%خطا داشت

\DeclareMathSizes{10.95}{9.2}{7.3}{5.5} %12,10,8,6
\usepackage{xepersian}  %بسته‌ی زی‌پرشین
\SepMark{.}  % تغییر نماد نقطه در شماره‌بندی فصل و بخش به خط تیره. باید بعد از بسته زی پرشین بیاد.
\usepackage{natbib}  %بسته‌ای برای مراجع
%---------------------------------------------------------------- fonts -----------------------------------------------------------------------
\settextfont[Scale=1.4]{XB Niloofar}
% چنانچه می‌خواهید اعداد در فرمول‌ها، فارسی باشد، خط زیر را نیز فعال کنید
\setdigitfont[Scale=1.5]{XB Niloofar}
\setlatintextfont[Scale=1.3]{Junicode}
\deflatinfont\euclid[Scale=1.4]{Junicode}
\defpersianfont\zar[Scale=1.4]{XB Zar}
\defpersianfont\nastaliq[Scale=2]{IranNastaliq}
\defpersianfont\bcm[Scale=1.5]{XB Niloofar}
\defpersianfont\titr[Scale=1]{XB Titre}
\deflatinfont\linlib[Scale=1.4]{Linux Libertine}


%-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
\theoremstyle{definition} 
\newtheorem{theorem}{قضیه}[chapter]
\newtheorem{lemma}{لم}[chapter]
\newtheorem{proposition}{تعریف}[section]
\newtheorem{corollary}{نتیجه}[section]
%-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
\theoremstyle{definition}
\renewcommand\proofname{برهان}
\newtheorem{definition}{تعریف}[section]
\newtheorem{remark}{تذکر}
\newtheorem{example}{مثال}
\newtheorem{thebibliography}{مراجع}
\newtheorem{references}{مراجع}
%-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
\numberwithin{figure}{chapter}
\numberwithin{equation}{chapter}
\numberwithin{table}{chapter}
\onehalfspace
%---------------------------------------------------------------- Dictionary ----------------------------------------------------------------
\newcommand\persiangloss[2]{#1\dotfill\lr{#2}\\}  % دستوری برای تعریف واژه‌نامه انگلیسی به فارسی
\newcommand\englishgloss[2]{#2\dotfill\lr{#1}\\}  % دستوری برای تعریف واژه‌نامه فارسی به انگلیسی
%-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
%دستوری برای اینکه لیست جدول و شکل به فهرست تبدیل شود:
\def\listfigurename{\if@RTL List of Figures \else فهرست‌ شکل‌‌ها \fi}
\def\listtablename{\if@RTL List of Tables ‌\else  فهرست جدول‌ها\fi}
%----------------------------------------------------------- تنظیمات سربرگ‌ها ----------------------------------------------------------
\pagestyle{fancyplain}
\cfoot[]{} % delete current  footer
\rhead[\fancyplain{}{\bfseries\thepage}]
{\fancyplain{}\thepage}
\lhead[\fancyplain{}{\bfseries\leftmark}]
{\fancyplain{}\leftmark}
\addtolength{\headheight}{1.6pt}
% ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
\makeatletter 
\def\@makechapterhead#1{% 
\vspace*{200\p@}% 
{\parindent \z@ \raggedleft\normalfont 
\ifnum \c@secnumdepth >\m@ne 
\leftline {\huge\bfseries \@chapapp\space \thechapter} \par\nobreak
\vskip 20\p@ 
\fi 
\interlinepenalty\@M 
\leftline{\Huge \bfseries #1}\par\nobreak 
\vskip 50\p@ 
}} 
\makeatother 
%-------------------------------- دستوراتی برای اینکه الف در پیوست به صورت کامل نمایش داده شود -----------------------
\makeatletter
\def\@harfi#1{\ifcase#1\or الف\or ب\or پ\or ت\or ث\or
ج\or چ\or ح\or خ\or د\or ذ\or ر\or ز\or س\or ش\or ص\or ض\or ع\or غ\or
ف\or ق\or ک\or گ\or ل\or م\or ن\or ه\or و\or ی\else\@ctrerr\fi}
\makeatother 
%-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
\setcounter{secnumdepth}{3}  %دستوری برای اینکه subsubsection اجرا شود.
\setcounter{tocdepth}{3}  %برای اینکه subsubsection در فهرست مطالب ظاهر شود.



\begin{document}
\allowdisplaybreaks %فرمول‌های انتهای صفحه را به کمک بسته ‌ی amsmath می‌شکند.
\frenchspacing  %فاصله‌ی بعد از نقطه در انتهای جمله را حذف می‌کند
% ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

\pagenumbering{harfi}{

 ----------------------------------------------------------
% insert each of your chapters with a \inlcude{filename} command as below
\pagenumbering{num_style}{


برای سادگی و برای پایین آمدن حجم، تنها قسمتی از کار را در اینجا کپی کردم.\\
این فقط یک نمونه است. در متن اصلی هر جا که لازم بوده از center , equation, align,.... استفاده شده است. پس نگویید که چرا از \$ یا [/ یا .... استفاده کردی؟!!! (یا نکردی) \\
در ابتدا تمامی تنظیمات درست بود منتها با توجه به اینکه احساس میکردم اندازه فونت ها کوچک است، اندازه تمامی فونت ها را به تناسب اندکی بزرگ کردم ولی ظاهرا نتوانستم اندازه فونت فرمول ها را تغییر دهم به همین دلیل اندازه فرمول ها  با متن هماهنگ نیست .در متن زیر به اندازه اعداد در مقایسه با حروف کناری اش توجه کنید. لطفا نگویید که سایز اعداد را کوچک کنم. من می خواهم حروف درون فرمول ها بزرگ تر شود. ببینید چقدر کوچک است)
توجه کنید که در ابتدا همه چیز درست و هماهنگ بوده و زمانی که من از قسمت $
settextfont[Scale=1.4]{XB Niloofar}\\
setdigitfont[Scale=1.5]{XB Niloofar}\\
setlatintextfont[Scale=1.3]{Junicode}\\
deflatinfont\euclid[Scale=1.4]{Junicode}\\
defpersianfont\zar[Scale=1.4]{XB Zar}\\
defpersianfont\nastaliq[Scale=2]{IranNastaliq}\\
defpersianfont\bcm[Scale=1.5]{XB Niloofar}\\
defpersianfont\titr[Scale=1]{XB Titre}\\
deflatinfont\linlib[Scale=1.4]{Linux Libertine}\\ $
تمامی Scale ها را به تناسب اندکی بزرگ کردم(1.16 برابر کردم) این مشکل پیش آمد.
برای نمونه:\\
\\
\begin{align}
f\left( {{X_t}} \right) &= f\left( {{X_{{t_0}}}} \right)\nonumber \\
    &+\int_{{t_0}}^t {\left( {a\left( {{X_s}} \right)\frac{\partial }{{\partial x}}f\left( {{X_s}} \right) + \frac{1}{2}{b^2}\left( {{X_s}} \right)\frac{{{\partial ^2}}}{{\partial {x^2}}}f\left( {{X_s}} \right)} \right)} ds\nonumber\\
               &+ \int_{{t_0}}^t {b\left( {{X_s}} \right)} \frac{\partial }{{\partial x}}f\left( {{X_s}} \right)d{W_s}\nonumber\\
               & = f\left( {{X_s}} \right) + \int_{{t_0}}^t {{L^0}} f\left( {{X_s}} \right)ds + \int_{{t_0}}^t {{L^1}} f\left( {{X_s}} \right)d{W_s}\nonumber
\end{align}

به عدد$ \dfrac{1}{2}$  و $ b $ توجه کنید، اصلا هماهنگ نیستند.\\
به خصوص زمانی که باید معادله ای را درون متن فارسی بیاورم این مساله مشهود تر است.برای مثال به فرمول $ f\left( {{X_t}} \right) &= f\left( {{X_{{t_0}}}} \right)
    +\int_{{t_0}}^t {\left( {a\left( {{X_s}} \right)\frac{\partial }{{\partial x}}f\left( {{X_s}} \right) $ توجه کنید. کوچک بودن حروف انگلیسی کاملا مشهود است.

\thispagestyle{empty}

\begin{figure}
\begin{center}
\includegraphics[height=15cm,width=15cm]{11.PNG} 
\end{center}
\end{figure}


\end{document}