\documentclass{article}
\usepackage{etoolbox}
\usepackage{xepersian}

\AtBeginEnvironment{LTRitems}{
\renewcommand{\labelenumi}{.\theenumi}}

\begin{document}

شماره‌گذاری اتوماتیک محیط \lr{LTRitems} 

مشکلش اینه که عدد سمت چپ نقطه نمیافته.

\begin{enumerate} 
\item آیتم

\begin{LTRitems}
\item  

\item 

\end{LTRitems}
\item آیتم

 \end{enumerate}


\vspace{30mm}
شماره‌گذاری دستی که نمیخامش.
\begin{enumerate} 
\begin{LTRitems}
\item[.1]

\item[.2] 

\end{LTRitems}
\end{enumerate}

\end{document}