\documentclass[twocolumn]{article}
%\usepackage{fix2col}
\usepackage{xepersian}
\pagestyle{headings}


\begin{document}
\section{سربرگ درست}          
همون‌طور که می‌دونین باید عنوان این بخش، توی سربرگ، چاپ بشه؛ اما می‌بینین که عنوان بخش ۳ توی سربرگ اومده.
\section{بخش}      
مقداری متن بی‌معنی مقداری متن بی‌معنی 
\newpage                         
\section{سربرگ غلط}          
مقداری متن بی‌معنی مقداری متن بی‌معنی 
\section{یک بخش دیگر}        
 مقداری متن بی‌معنی مقداری متن بی‌معنی 
\section{بخش آخر}  
مقداری متن بی‌معنی مقداری متن بی‌معنی 
\end{document}