\documentclass[11pt]{article}

\usepackage{amsmath}
\usepackage{xepersian}

\DeclareMathSizes{10.95}{80}{60}{20}%12,10,8,6
\begin{document}
برای فونت 11pt باید عدد اول 10.95 باشد و برای 10pt عدد همان ۱۰ و .... باشد
\begin{align}
E = mc^2\\
\sum_{i=1}^{n_1}x_{j_i}
\end{align}
\end{document}