\documentclass{book}
\usepackage{xepersian}
\SepMark{-}
\makeatletter
\renewcommand\@seccntformat[1]{\csname the#1\endcsname\@SepMark\quad}
\makeatother
\begin{document}
\chapter{تست}
\section{تست}\label{sec1}
\subsection{تست}\label{subsec1}
در بخش  \ref{sec1}  و در زیربخش \ref{subsec1} داریم ...
\end{document}