\documentclass{article}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{xepersian}
\makeatletter
\SepMark{.}% هر چی دوست دارین، به جای علامت نقطه بذارین
\let\oldsubequations\subequations
\let\endoldsubequations\endsubequations
\renewenvironment{subequations}{\bgroup\oldsubequations%
\renewcommand{\theequation}{\theparentequation{}\@SepMark\alph{equation}}%
}%
{\endoldsubequations\egroup}
\makeatother
\begin{document}
\begin{subequations}
\begin{align}
a=b\\
c=d
\end{align}
\end{subequations}
\begin{align}
e=f
\end{align}
\end{document}