\documentclass[12pt,a4paper]{article}
\usepackage{amsmath}

\usepackage{xepersian}

%\DeclareMathSizes{12}{100}{30}{10} %{10.95}{9.2}{7.3}{5.5}%12,10,8,6
%\DeclareMathSizes{10.95}{9}{30}{10} %{10.95}{9.2}{7.3}{5.5}%12,10,8,6
%\DeclareMathSizes{10}{40}{30}{20}%12,10,8,6
\DeclareMathSizes{12}{13}{6}{4}
\begin{document}
هر سایزی دوست داری بده فقط 
برای فونت 11pt باید عدد اول 10.95 باشد 
\begin{align}
E = mc^2\\
\sum_{i=1}^{n_1}x_{j_i}
\end{align}
\end{document}