\documentclass[12pt,a4paper]{book}
\usepackage{mathtools,amssymb}
\usepackage[total={13cm,22cm},centering,includehead=true]{geometry}
\usepackage{enumitem}
\usepackage{xepersian}

\settextfont[Scale=1]{Yas}
\setdigitfont[Scale=1]{Yas}
\setlatintextfont{Times New Roman}

\newtheorem{theorem}{قضیه}[chapter]
\begin{document}
\chapter{جبرخطی}
\begin{theorem}\label{thm:sam}
چهار گزاره زیر معادل‌اند. 
\begin{enumerate}[label=\normalfont{\harfi{enumi}} \alph*), ref=\thetheorem(\alph*)]
\item \label{thm:sam:1} گزاره اول
\item \label{thm:sam:2} گزاره دوم
\setcounter{enumi}{3}
\item \label{thm:sam:3} گزاره سوم
\item \label{thm:sam:4} گزاره چهارم
\item \label{thm:sam:5} گزاره پنجم
\end{enumerate}
\end{theorem}
طبق قضیه~%
\ref{thm:sam:1}.

همچنین طبق قضیه~%
\ref{thm:sam:2}.


طبق قضیه~%
\ref{thm:sam:3}.

همچنین طبق قضیه~%
\ref{thm:sam:4}.


طبق قضیه~%
\ref{thm:sam:5}.
\end{document}