\documentclass[12pt,a4paper]{book}
\usepackage{mathtools,amssymb}
\usepackage[total={13cm,22cm},centering,includehead=true]{geometry}
\usepackage{enumitem}
\usepackage{xepersian}

\settextfont[Scale=1]{Yas}
\setdigitfont[Scale=1]{Yas}
\setlatintextfont{Times New Roman}

\newtheorem{theorem}{قضیه}[chapter]

\makeatletter
\def\@myharfi#1{\ifcase#1\or آ\orب\orپ\orت\orث\or
ج\orچ\orح\orخ\orد\orذ\orر\orز\orس\orش\or ص\or ض\or ع\or غ\or
ف\or ق\or ک\or گ\or ل\or م\or ن\or و\or ه\or ی\else\@ctrerr\fi}
\def\myharfi#1{\expandafter\@myharfi\csname c@#1\endcsname}
\makeatother

\begin{document}
\chapter{جبرخطی}
\begin{theorem}\label{thm:sam}
چهار گزاره زیر معادل‌اند. 
\begin{enumerate}[label=\normalfont{\myharfi{enumi}} \alph*), ref=\thetheorem(\alph*)]
\item \label{thm:sam:1} گزاره اول
\item \label{thm:sam:2} گزاره دوم
%\setcounter{enumi}{3}
\item \label{thm:sam:3} گزاره سوم
\item \label{thm:sam:4} گزاره چهارم
\item \label{thm:sam:5} گزاره پنجم
\end{enumerate}
\end{theorem}
طبق قضیه~%
\ref{thm:sam:1}.

همچنین طبق قضیه~%
\ref{thm:sam:2}.


طبق قضیه~%
\ref{thm:sam:3}.

همچنین طبق قضیه~%
\ref{thm:sam:4}.


طبق قضیه~%
\ref{thm:sam:5}.
\end{document}