آیا این مشکل از فونت است؟ :-[
ممکنه.
شما فایل نمونهی زیر را اجرا کنید و فایل log حاصل در کنارش را برامون ارسال کنید تا ببینیم مشکل چیه.
\documentclass{minimal}
\usepackage{xepersian}
\settextfont{Tahoma}
\begin{document}
سلام دنیا!
\end{document}